实验室坚持“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，通过多种措施，利用现有科研设施和学术环境，面向国内外开放，营造了良好的开放研究环境。

为充分发挥国家重点实验室的作用，吸引和凝聚国内外优秀学者，植物基因组学国家重点实验室围绕实验室研究方向，设立开放课题研究。